Dragør Menighedsbørnehave tog første gang i mod byens børn den 2. februar 1949. Der var dengang plads til 40 børn, der kunne bliver passet mandag til lørdag. Der var efter krigen et behov for at kvinderne kom ud på arbejdsmarkedet, men børnene skulle jo passes. Løsningen blev en børnehave i Villa Dalhøj (Den røde bygning).
Gudrun Maes var børnehavens første leder og efterfulgt gennem mange år af Alice Jensen. Kirsten Ulrich Nielsen blev leder tilbage i 1987, og hun er leder den dag i dag.
I starten af 1970erne havde man et ønske om at udvide børnehaven, således der blev lidt mere plads for børnene at boltre sig på. I 1975 stod denne udvidelse færdig – det der er i dag er garderobe, kontor, Mariehønsestuen og salen.
I 1974 blev der aftalt en driftsoverenskomst mellem Dragør kommune og Menighedssamfundet. I efteråret 2018 opsagde Dragør kommune driftoverenskomsten og en række forældre gik i gang med at privatisere børnehaven, således den stadig kan bidrage til lokalsamfundet med vægt på børnenes tryghed, udvikling og et kristent livssyn. Den 1. august 2019 overgik børnehave igen til at være privat.